海原市立夕凪中学校に通う2人の女子中学生、日向咲と美翔舞。
幼い頃に「大空の樹」で妖精を見た2人は、5年の月日を経て同じ場所で再会する。
その時、2人の元にかつての妖精達「泉の郷」からやってきた花の精・フラッピと鳥の精・チョッピが現れ、力を貸して欲しいと頼まれる。
2人は「伝説の戦士プリキュア」に変身し、滅びの力で世界を支配しようとするアクダイカーンやその手下と戦い、奪われた泉の郷の七つの泉を取り戻していく。